Thấy nhà Mạc chưa hết người đứng lên khôi phục cơ nghiệp và còn được các văn thần, võ tướng vùng Bắc Hà tôn phù, Phụ chính Nam triều là Trịnh Tùng lập tức tiến binh đánh Mạc Kính Chỉ. Tháng chạp năm 1592, Tùng sai các Thái Quận công: Nguyễn Thất Lý, Bùi Văn Khuê, Trần Bách Niên, Nguyễn Nga dùng thủy binh tiến đánh.

Nhưng quân của Trịnh Tùng vừa tới nơi đã bị Kính Chỉ phục binh đánh cho quan quân Lê – Trịnh trở tay không kịp. Nguyễn Thất Lý bị chém chết tại trận, Nguyễn Nga trúng thương may mà ngã trên thuyền nên được cứu thoát, quân của Bùi Văn Khuê, Trần Bách Niên bị đánh tan tác. Kính Chỉ thu nhiều thuyền bè, khí giới và binh lương. Ngay trận đầu thắng lớn, Kính Chỉ sai Đông các Học sỹ Đỗ Trực làm tờ hịch bố cáo toàn bộ trấn Kinh Bắc, Hải Dương theo về với Kính Chỉ,[2] Mạc Toàn biết tin cũng chạy sang chỗ Kính Chỉ nương nhờ.